在自主招生院校数上，2001年教育部首次批准的自主招生院校仅有3所，到2010年已增加到76所高校和73所高职院校；在招生比例上，教育部规定自主招生的名额不超过招生名额的5%，2006年复旦大学和上海交通大学将此比例提高到10%；在考试方式上，一直以来都是高校单独出题，2010年清华大学、上海交通大学、中国科学技术大学、西安交通大学和南京大学首次举行五校联考。这些变化都是高校自主招生中具有标志性意义的举措，对我国招生方式多元化的改革起到了重要作用。
自主招生的初衷，一是为了促进中学素质教育，二是为了打破普通高考一统天下的局面。九年来，各高校不断调整自主招生的方案，以期充分发挥此政策的影响力，收到最好的成效。但是与所有新政策出台时一样，自主招生在实施过程中也出现了不少问题，主要总结为以下四点。
第一，高等学校选拔自主权不够。目前，教育部批准的自主招生名额不超过本年录取总数的5%，复旦大学和上海交大在2006年开始达到10%。这个比例相对于统一高考来说还是太小了。加上一些学生不需要自主招生的加分就可上线，或者加20分也不能上线，最后有效利用的不过3成至4成。[11]